Bibliothèques écrites en Nextflow

rnaseq

Pipeline d'analyse de séquençage d'ARN utilisant STAR, RSEM, HISAT2 ou Salmon avec comptage de gènes/isoformes et contrôle de qualité approfondi.
  • 468
  • MIT

patterns

Une collection organisée de modèles d'implémentation Nextflow -- http://nextflow-io.github.io/patterns/index.html (par nextflow-io).
  • 220
  • MIT

sarek

Pipeline d'analyse pour détecter les variantes germinales ou somatiques (pré-traitement, appel de variantes et annotation) à partir du WGS/séquençage ciblé.
  • 168
  • MIT

mag

Assemblage et binning de métagénomes (par nf-core).

eager

Un pipeline d'analyse d'ADN ancien entièrement reproductible et à la pointe de la technologie.
  • 66
  • MIT

rare-disease-wf

(WIP) flux de travail des meilleures pratiques pour les maladies rares.
  • 48
  • MIT

configs

Fichiers de configuration utilisés pour définir des paramètres spécifiques aux environnements de calcul de différentes institutions (par nf-core).
  • 46
  • MIT

rnaseq-nf

Une preuve de concept du pipeline RNAseq.
  • 43
  • Mozilla Public License 2.0

rnatoy

Un pipeline RNA-Seq de preuve de concept avec Nextflow.
  • 28

hlatyping

Typage HLA de précision à partir de données de séquençage de nouvelle génération.
  • 28
  • MIT

GATK

Germline Variant Calling Nextflow Pipeline Basé sur les meilleures pratiques GATK4.